巧克力囊肿是“肿块”但并非是“肿瘤”，它是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，粘稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
巧克力囊肿病发机制
1、内分泌因素：卵巢虽然小，但却是生成卵子并排卵、平衡内分泌的重要器官之一，多出现在内分泌旺盛的生育年龄。因此认为和内分泌失调有关。此外月经时生气可能就没了，垃圾排不出来，在卵巢里便形成了囊肿。
2、性生活频繁：通常发病大多是在青春期少女以及更期女性，这和她们过于频繁的性生活有关。
3、输卵管阻塞：卵巢内无受精的卵泡，废品垃圾要排出去，就需要靠体内液压把垃圾排出来，因为机能衰退，输卵管有堵塞现象，排不出去的卵子积在卵巢里，就形成了囊肿。
4、压力过大：是导致卵巢巧克力囊肿的主要因素，长时间精神压力太大、可以导致植物神经功能紊乱、影响内分泌调节，则导致卵巢功能过早衰退，雌激素的分泌减少，提前进入更年期。
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